Трехлетний срок, предусмотренный ст. 173 НК РФ следует исчислять после окончания налогового периода, в котором возникли налоговая база по налогу на добавленную стоимость и сумма налога, исчисленная с этой налоговой базы, при наличии полученных налогоплательщиком счетов-фактур и соответствующих первичных документов, подтверждающих принятие на учет приобретенных им товаров (работ, услуг).
Об этом Письмо Минфина РФ от 30.03.2010 N 03-07-11/79.
Согласно п. 1 ст. 171 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик имеет право уменьшить общую сумму налога на добавленную стоимость, исчисленную в соответствии со ст. 166 Кодекса, на налоговые вычеты, установленные ст. 171 Кодекса.
На основании п. 1 ст. 166 Кодекса сумма налога на добавленную стоимость исчисляется как соответствующая налоговой ставке процентная доля налоговой базы.
Таким образом, в случае если налогоплательщик в налоговом периоде налоговую базу не определяет, то принимать к вычету суммы налога на добавленную стоимость оснований не имеется. В связи с этим указанные налоговые вычеты производятся в том налоговом периоде, в котором возникает налоговая база по налогу на добавленную стоимость.
Пунктом 2 ст. 173 Кодекса установлено, что, если сумма налоговых вычетов в каком-либо налоговом периоде превышает общую сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 166 Кодекса и увеличенную на суммы налога, восстановленного в соответствии с п. 3 ст. 170 Кодекса, положительная разница между суммой налоговых вычетов и суммой налога, исчисленной по операциям, признаваемым объектом налогообложения, подлежит возмещению налогоплательщику в порядке и на условиях, которые предусмотрены ст. ст. 176 и 176.1 Кодекса, за исключением случаев, когда налоговая декларация подана налогоплательщиком по истечении трех лет после окончания соответствующего налогового периода.