У налогоплательщика до 1 января 2010 г. была возможность при заключении договора с брокером согласовывать метод, который будет использован для учета расходов по приобретению налогоплательщиком ценных бумаг. С 1 января 2010 г. в соответствии с абз. 3 п. 13 ст. 214.1 НК РФ при реализации ценных бумаг расходы в виде стоимости приобретения ценных бумаг признаются по стоимости первых по времени приобретений (ФИФО).
Об этом Письмо Минфина РФ от 08.04.2010 N 03-04-05/2-173.
Согласно п. 1 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц.
Исключение составляют доходы, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1 , 227 и 228 Кодекса.
В соответствии со ст. 214.1 Кодекса налоговым агентом признается доверительный управляющий, брокер, лицо, осуществляющее операции по договору поручения, договору комиссии, агентскому договору в пользу налогоплательщика, иное лицо, признаваемое налоговым агентом в соответствии с Кодексом.
В случае если организация относится к одному из вышеуказанных лиц, она признается в соответствии с Кодексом налоговым агентом и обязана исчислить, удержать у налогоплательщиков и перечислить в бюджет суммы налога.
Пунктом 3 ст. 214.1 Кодекса предусмотрено определение доходов от операций купли-продажи ценных бумаг как разницы между суммами доходов, полученных от реализации ценных бумаг, и документально подтвержденными расходами на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг, фактически произведенными налогоплательщиком.
Специальных положений, устанавливающих порядок учета расходов налогоплательщика при реализации ценных бумаг в редакции Кодекса , действовавшей до 1 января 2010 г., не содержалось.
При этом возможность изменения метода списания на расходы стоимости выбывших ценных бумаг Кодексом не предусмотрена.