Поскольку автономное учреждение органом местного самоуправления не является, налогообложение налогом на добавленную стоимость операций по реализации работ (услуг), выполняемых (оказываемых) данным учреждением, следует производить в общеустановленном порядке независимо от источника оплаты этих работ (услуг).
Об этом Письмо Минфина РФ от 15.04.2010 N 03-07-11/120.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 146 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации признаются объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость независимо от источника финансирования. При этом п. 2 данной статьи Кодекса установлен перечень операций, не признаваемых объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость. В указанный перечень включены операции по выполнению работ (оказанию услуг) органами, входящими в систему органов государственной власти и органов местного самоуправления, в рамках выполнения возложенных на них исключительных полномочий в определенной сфере деятельности в случае, если обязанность выполнения указанных работ (оказания услуг) установлена законодательством Российской Федерации, законодательством субъектов Российской Федерации, актами органов местного самоуправления.