Суммы НДС по основным средствам, которые использовались для осуществления операций, не подлежащих налогообложению НДС, восстановлению не подлежат.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 26.11.2009 N 16-15/124316.
Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ при переходе налогоплательщика с общего режима налогообложения на специальный налоговый режим в соответствии с гл. 26.2 НК РФ суммы НДС, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам, в порядке, предусмотренном в гл. 21 НК РФ, подлежат восстановлению в налоговом периоде, предшествующем переходу на указанный режим.
Суммы налога, подлежащие восстановлению, в стоимость указанных товаров (работ, услуг), в том числе основных средств, не включаются, а учитываются в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 НК РФ.
Суммы налога, принятые налогоплательщиком к вычету до использования им права на освобождение по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления облагаемых НДС операций, но не использованным для указанных операций, подлежат восстановлению путем уменьшения налоговых вычетов. При этом суммы по основным средствам и нематериальным активам восстанавливаются в размере суммы, пропорциональной остаточной (балансовой) стоимости, без учета переоценки.
Суммы НДС по основным средствам, которые использовались для осуществления операций, не подлежащих налогообложению НДС, восстановлению не подлежат.
Во всех случаях восстановления НДС, предусмотренных в п. 3 ст. 170 НК РФ, налогоплательщик должен зарегистрировать в книге продаж тот счет- фактуру, на основании которого суммы налога ранее были приняты к вычету. При этом регистрируется счет-фактура на сумму налога, подлежащую восстановлению. Об этом сказано в п. 16 Правил, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914.