Головная организация должна перечислять сумму налога, удержанного с заработной платы и иных доходов физических лиц, полученных за работу в обособленных подразделениях, по месту нахождения каждого такого подразделения.
Об этом Об Письмо ФНС РФ от 17.01.2006 N 04-1-03/21.
В соответствии с п. 2 ст. 11 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) обособленным подразделением организации является любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца.
Согласно п. 7 ст. 226 Кодекса налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога на доходы физических лиц как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
В соответствии с п. 5 ст. 24 Кодекса за неисполнение или ненадлежащее исполнение возложенных на него обязанностей налоговый агент несет ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации. Таким образом, налоговый орган имеет основания для направления организации требования о перечислении неперечисленных сумм налога в бюджет по месту нахождения филиала или иного обособленного подразделения организации, начисления на неперечисленные (не полностью перечисленные) суммы налога на доходы пени в порядке, указанном в ст. 75 Налогового кодекса, а также для привлечения организации - налогового агента к ответственности, предусмотренной ст. 123 Налогового кодекса.