В случае когда индивидуальный предприниматель состоит на учете в разных налоговых органах: по месту осуществления деятельности с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности и по месту жительства, налог на доходы физических лиц с доходов, выплачиваемых работникам, занятым в деятельности, в отношении которой применяется указанный единый налог, следует перечислять в бюджет по месту учета индивидуального предпринимателя в налоговом органе в качестве налогоплательщика единого налога.
Об этом Письмо Минфина РФ от 01.09.2010 N 03-04-05/3-518.
В соответствии с п. 1 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) индивидуальные предприниматели, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 ст. 226 Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса. Указанные индивидуальные предприниматели являются налоговыми агентами.
Индивидуальный предприниматель, осуществляющий деятельность с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, а также деятельность с применением упрощенной системы налогообложения, признается налоговым агентом в отношении доходов, выплачиваемых им работникам, нанятым в целях осуществления таких видов деятельности. В связи с этим на такого индивидуального предпринимателя возлагается обязанность по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога на доходы физических лиц при выплате дохода указанным наемным работникам.
В соответствии с п. 7 ст. 226 Кодекса совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается по месту учета налогового агента в налоговом органе.
В указанный налоговый орган индивидуальному предпринимателю, являющемуся налоговым агентом, следует также представлять сведения о доходах физических лиц соответствующего налогового периода и суммах начисленных и удержанных в этом налоговом периоде налогов в соответствии с п. 2 ст. 230 Кодекса.