В случае если ценные бумаги были приобретены налогоплательщиком без участия организации - налогового агента, налоговый агент не имеет возможности определить налоговую базу в соответствии с п. 18 ст. 214.1 НК РФ. В таких случаях налогоплательщик самостоятельно исчисляет и уплачивает в бюджет сумму налога. При этом налоговый агент информирует налоговый орган о невозможности удержания налога в установленном порядке.
Об этом Письмо Минфина РФ от 29.10.2010 N 03-04-06/2-261.
Особенности определения налоговой базы, исчисления и уплаты налога на доходы физических лиц по операциям с ценными бумагами и операциям с финансовыми инструментами срочных сделок установлены ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
Абзацем 2 п. 18 ст. 214.1 Кодекса установлено, что налоговый агент определяет налоговую базу налогоплательщика по всем видам доходов от операций, осуществляемых налоговым агентом в пользу налогоплательщика.
Выплатой дохода в натуральной форме в целях п. 18 ст. 214.1 Кодекса признается передача налоговым агентом налогоплательщику ценных бумаг со счета депо (лицевого счета) налогового агента или счета депо (лицевого счета) налогоплательщика, по которым налоговый агент наделен правом распоряжения.
При выплате дохода в натуральной форме сумма выплаты определяется в сумме фактически произведенных и документально подтвержденных расходов на приобретение передаваемых налогоплательщику ценных бумаг.