Организация в качестве налогового агента не может учитывать расходы по приобретению физическим лицом ценных бумаг, полученных им без участия налогового агента. Такие расходы могут быть учтены физическим лицом самостоятельно при подаче налоговой декларации в налоговый орган.
Об этом Письмо Минфина РФ от 21.05.2010 N 03-04-05/2-275.
Особенности определения налоговой базы, исчисления и уплаты налога на доходы физических лиц по операциям с ценными бумагами и операциям с финансовыми инструментами срочных сделок установлены ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
В соответствии со ст. 214.1 Кодекса (в редакции, действовавшей до 1 января 2010 г.) налоговыми агентами признавались брокеры, доверительные управляющие, управляющие компании, осуществляющие доверительное управление имуществом, составляющим паевой инвестиционный фонд, или иные лица, совершающие операции по договору поручения или по иному подобному договору в пользу налогоплательщика.
Таким образом, в тех случаях, когда организация выступала в качестве одного из вышеуказанных лиц, она являлась налоговым агентом и обязана была исчислять, удерживать у налогоплательщика и перечислять в бюджет сумму налога на доходы физических лиц.
Вместе с тем на налогового агента не возложены обязанность учитывать доходы и расходы налогоплательщика по операциям, которые осуществлялись без его участия, и, соответственно, ответственность за достоверность и полноту сведений о доходах и расходах по таким операциям.