Зачет может быть осуществлен только в отношении суммы государственной пошлины, уплаченной в размере, превышающем размер государственной пошлины, установленный гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' НК РФ.
Об этом Письмо Минфина РФ от 01.02.2011 N 03-05-05-03/04.
Порядок возврата или зачета уплаченной суммы государственной пошлины за совершение юридически значимых действий, в том числе и за совершение действий, связанных с государственной регистрацией выпусков (дополнительных выпусков) эмиссионных ценных бумаг, определен ст. 333.40 гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
Пунктом 1 ст. 333.40 гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' Кодекса установлен исчерпывающий перечень, в соответствии с которым уплаченная государственная пошлина за совершение юридически значимых действий, предусмотренных гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' Кодекса, подлежит возврату.
На основании пп. 1 п. 1 ст. 333.40 Кодекса уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено гл. 25.3 ''Государственная пошлина'' Кодекса.
В соответствии с пп. 4 п. 1 ст. 333.40 Кодекса государственная пошлина подлежит возврату в случае отказа лиц, уплативших государственную пошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в уполномоченный орган (к должностному лицу), совершающий (совершающему) данное юридически значимое действие.
Согласно п. 6 ст. 333.40 Кодекса плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.