Если организация, при посредстве которой физическое лицо осуществляет операции с ценными бумагами, она является налоговым агентом и обязана исчислить сумму налога на доходы физических лиц, удержать ее из дохода налогоплательщика и перечислить в бюджет независимо от того, является ли физическое лицо индивидуальным предпринимателем или нет.
Об этом Письмо Минфина РФ от 10.02.2011 N 03-04-05/4-74.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 227 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) физические лица, зарегистрированные в установленном законодательством порядке и осуществляющие предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, самостоятельно исчисляют и уплачивают налог на доходы физических лиц, исходя из сумм доходов, полученных от осуществления такой деятельности.
Однако ст. 214.1 Кодекса установлен специальный порядок налогообложения доходов по операциям с ценными бумагами и операциям с финансовыми инструментами срочных сделок, который не зависит от того, осуществляет ли физическое лицо - получатель дохода операции с ценными бумагами в качестве индивидуального предпринимателя или нет.
В соответствии с п. 18 ст. 214.1 Кодекса налоговым агентом признаются доверительный управляющий, брокер, иное лицо, осуществляющее в интересах налогоплательщика операции с ценными бумагами и (или) финансовыми инструментами срочных сделок на основании соответствующего договора с налогоплательщиком: договора доверительного управления, договора на брокерское обслуживание, договора поручения, договора комиссии или агентского договора.
В случае если физическое лицо является индивидуальным предпринимателем, доходы от операций с ценными бумагами при расчете налоговой базы от предпринимательской деятельности вторично не учитываются.