НК РФ не предусмотрено проведение налоговым органом самостоятельной выездной налоговой проверки обособленного подразделения, не являющегося филиалом или представительством организации, а также проведение указанной проверки филиалов или представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты федеральных налогов, в том числе предусмотренных специальными налоговыми режимами.
Об этом Письмо Минфина РФ от 28.03.2011 N 03-02-08/32.
Согласно пп. 2 п. 1 ст. 31 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговые органы вправе проводить налоговые проверки в порядке, установленном Кодексом.
На основании п. п. 2 и 7 ст. 89 Кодекса налоговый орган вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов. Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения такого обособленного подразделения.