До 1 января 2010 г. специальных положений, устанавливавших порядок учета расходов налогоплательщика при реализации ценных бумаг, в НК РФ не содержалось и налогоплательщик был вправе самостоятельно определять метод определения расходов по приобретению ценных бумаг.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 30.11.2010 N 20-14/4/125204.
Порядок налогообложения доходов, полученных от продажи ценных бумаг, осуществляется в соответствии с гл. 23 НК РФ (в ред. Федерального закона от 25.11.2009 N 281-ФЗ ''О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации'').
Согласно п. 6 ст. 214.1 НК РФ ценные бумаги признаются реализованными в случае прекращения обязательств налогоплательщика передать соответствующие ценные бумаги зачетом встречных однородных требований, в том числе при осуществлении клиринга в соответствии с законодательством Российской Федерации.
В соответствии с п. 7 ст. 214.1 Налогового кодекса РФ доходами по операциям с ценными бумагами признаются доходы от купли-продажи (погашения) ценных бумаг, полученные в налоговом периоде. (Согласно изменениям, которые были внесены во вторую часть НК РФ Федеральным законом от 28.12.2010 N 395-ФЗ, в абз. 1 п. 7 ст. 214.1 НК РФ слова ''купли-продажи'' заменены словом ''реализации'').
На основании п. 10 ст. 214.1 НК РФ расходами по операциям с ценными бумагами признаются документально подтвержденные и фактически осуществленные налогоплательщиком расходы, связанные с приобретением, реализацией, хранением и погашением ценных бумаг.
Пунктом 12 ст. 214.1 НК РФ финансовый результат по операциям с ценными бумагами определяется как доходы от операций за вычетом соответствующих расходов, указанных в п. 10 ст. 214.1 НК РФ.
В соответствии с абз. 3 п. 13 ст. 214.1 НК РФ при реализации ценных бумаг расходы в виде стоимости приобретения ценных бумаг признаются по стоимости первых по времени приобретения (ФИФО). Такой метод учета расходов по приобретению ценных бумаг с 1 января 2010 г. является обязательным.