К доходу, полученному от реализации встроенного помещения магазина, которое сдавалось в аренду в целях осуществления предпринимательской деятельности, то есть непосредственно использовалось в предпринимательской деятельности, положения п. 17.1 ст. 217 НК РФ не применяются.
Об этом Письмо Минфина РФ от 27.04.2011 N 03-04-05/3-307.
Федеральным законом от 27.12.2009 N 368-ФЗ из пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) исключены положения, предусматривающие право налогоплательщиков на получение имущественных налоговых вычетов по налогу на доходы физических лиц в сумме, полученной при продаже жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более. Указанные изменения в соответствии с п. 4 ст. 5 указанного Федерального закона распространяются на правоотношения, возникшие с 1 января 2009 г.
Вместе с этим в соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса (в редакции Федерального закона от 27.12.2009 N 368-ФЗ, распространяющейся на правоотношения, возникшие с 1 января 2009 г.) не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
При этом положения указанного пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности.