В случае если в рамках договора транспортной экспедиции помимо вышеуказанных услуг, оказываются также услуги, подлежащие налогообложению налогом на добавленную стоимость на основании п. 3 ст. 164 НК РФ по ставке 18 процентов, то вознаграждение экспедитора в части таких услуг облагается налогом по ставке в размере 18 процентов.
Об этом Письмо Минфина РФ от 10.08.2011 N 03-07-08/255.
Согласно пп. 2.1 п. 1 ст. 164 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) нулевая ставка налога на добавленную стоимость применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, перечень которых установлен данным подпунктом , оказываемых российскими организациями и индивидуальными предпринимателями на основании договора транспортной экспедиции при организации международных перевозок товаров между пунктами отправления и назначения товаров, один из которых расположен на территории Российской Федерации, а другой за пределами территории Российской Федерации.
В связи с этим вознаграждение, получаемое экспедиторам по договору транспортной экспедиции при организации международной перевозки товаров, ввозимых на территорию Российской Федерации с территории иностранного государства, за оказание транспортно-экспедиционных услуг, предусмотренных указанным пп. 2.1 п. 1 ст. 164 Кодекса, подлежит налогообложению налогом на добавленную стоимость по ставке в размере 0 процентов при условии представления в налоговые органы документов, установленных п. 3.1 ст. 165 Кодекса, независимо от того, под какие таможенные процедуры помещаются ввозимые товары и какую ставку налога применяют налогоплательщики, оказывающие услуги по перевозке.