Так как с сумм субсидии был уплачен налог на доходы физических лиц, а в отношении приобретенной квартиры налогоплательщику был предоставлен имущественный налоговый вычет, то вне зависимости от соотношения между собственными средствами и средствами, полученными в виде субсидии, израсходованными на приобретение квартиры, положения п. 36 ст. 217 НК РФ к такой субсидии не применяются.
Об этом Письмо Минфина РФ от 08.09.2011 N 03-04-05/6-640.
В соответствии с п. 1 ст. 210 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло.
Перечень доходов, освобождаемых от обложения налогом на доходы физических лиц, установлен ст. 217 Кодекса.
Согласно п. 36 ст. 217 Кодекса, внесенному Федеральным законом от 29.11.2007 N 284-ФЗ ''О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации'', не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц суммы выплат на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленные за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов.
Пунктом 5 ст. 3 Федерального закона от 29.11.2007 N 284-ФЗ предусмотрено, что положения п. 36 ст. 217 Кодекса распространяются на правоотношения, возникшие с 1 января 2005 г., но не применяются в отношении налогоплательщиков, которые с сумм средств на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленных за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов, до 1 января 2008 г. уплатили налог и получили имущественный налоговый вычет, установленный пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса.