При совершении операций с ценными бумагами через налогового агента налоговый агент обязан учитывать доходы и расходы налогоплательщика при совершении таких операций. То есть организация обязана учитывать расходы налогоплательщика по таким операциям только в том случае, если она выступает при их совершении в качестве налогового агента.
Об этом Письмо Минфина РФ от 01.09.2008 N 03-04-06-01/264.
Налоговая база при совершении операций с ценными бумагами рассчитывается как разница между суммами доходов, полученными от реализации ценных бумаг, и документально подтвержденными расходами на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг, фактически произведенными налогоплательщиком.
При совершении физическим лицом операций с ценными бумагами через налогового агента расчет и уплата суммы налога осуществляются налоговым агентом по окончании налогового периода или при осуществлении им выплаты денежных средств налогоплательщику до истечения очередного налогового периода.
В соответствии со ст. 214.1 НК РФ налоговыми агентами признаются брокеры, доверительные управляющие, управляющие компании, осуществляющие доверительное управление имуществом, составляющим паевой инвестиционный фонд, или иные лица, совершающие операции по договору поручения или по иному подобному договору в пользу налогоплательщика.
Вместе с тем гл. 23 НК РФ не содержит положений, запрещающих налоговому агенту учитывать при определении налоговой базы по операциям с ценными бумагами и те расходы по таким операциям, которые были произведены за счет налогоплательщика другим налоговым агентом или непосредственно самим налогоплательщиком. При этом у налогового агента должны иметься предусмотренные нормативными правовыми актами документы, достоверно подтверждающие такие расходы.
Одновременно специалисты Минфина сообщают, что такие расходы могут быть учтены физическим лицом самостоятельно при подаче налоговой декларации в налоговый орган по окончании налогового периода.