Если организация выплачивает индивидуальному предпринимателю доходы, получение которых не связано с его предпринимательской деятельностью и (или) в отношении которых организация - источник выплаты дохода в соответствии с гл. 23 НК РФ является налоговым агентом, обязанность по уплате налога на доходы физических лиц исполняет такая организация - налоговый агент.
Об этом Письмо Минфина РФ от 03.10.2008 N 03-04-06-01/288.
В соответствии со ст. 226 Налогового Кодекса (далее Кодекс) российские организации, индивидуальные предприниматели, нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также обособленные подразделения иностранных организаций в Российской Федерации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса с учетом особенностей, предусмотренных данной статьей.
Исчисление сумм и уплата налога производятся налоговым агентом в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1 , 227 и 228 Кодекса.
Из вышеуказанных статей Кодекса следует, что вопрос о порядке уплаты налога с доходов физического лица решается не только в зависимости от наличия у физического лица статуса индивидуального предпринимателя, но и от вида выплачиваемого дохода и, соответственно, налогового статуса организации - источника его выплаты.