Счет-фактура , составленный в электронном виде, может подписываться до 1 июля 2012 г. электронной цифровой подписью или усиленной квалифицированной электронной подписью, а после признания утратившим силу Федерального закона от 10.01.2002 N 1-ФЗ - усиленной квалифицированной электронной подписью или в соответствии с п. 2 ст. 6 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ усиленной неквалифицированной электронной подписью в случае, если сертификат ключа проверки электронной подписи выдан удостоверяющим центром, входящим в сеть доверенных удостоверяющих центров ФНС России (вплоть до окончания действия сертификата или существования сети доверенных удостоверяющих центров ФНС России).
Об этом Письмо Минфина России от 20.07.2012 N 03-07-15/80.
В соответствии с п. 1 ст. 169 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) счет-фактура может быть составлен и выставлен на бумажном носителе и (или) в электронном виде. Счета-фактуры составляются в электронном виде по взаимному согласию сторон сделки и при наличии у указанных сторон совместимых технических средств и возможностей для приема и обработки этих счетов-фактур в соответствии с установленными форматами и порядком .
Согласно п. 6 ст. 169 Кодекса счет-фактура, составленный в электронном виде, подписывается электронной цифровой подписью руководителя организации либо иных лиц, уполномоченных на это приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации, индивидуального предпринимателя в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Согласно п. 2 ст. 20 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ ''Об электронной подписи'' Федеральный закон от 10.01.2002 N 1-ФЗ ''Об электронной цифровой подписи'' признается утратившим силу с 1 июля 2012 г.
На основании п. 2 ст. 19 и п. 1 ст. 5 Федерального закона от 06.04.2011 N 63-ФЗ электронный документ, подписанный электронной цифровой подписью до даты признания утратившим силу Федерального закона от 10.01.2002 N 1-ФЗ, признается электронным документом, подписанным усиленной квалифицированной электронной подписью в соответствии с Федеральным законом от 06.04.2011 N 63-ФЗ.