Если организация реализует товары через филиалы, то они могут вести журналы учета счетов-фактур, книги покупок и продаж в виде разделов единых журналов учета и единых книг.
Об этом - письмо УФНС РФ по г. Москве от 26.02.2007 № 19-11/1757
По истечении налогового периода указанные разделы представляются филиалами организации для оформления единых книг покупок и книг продаж и составления декларации по НДС.
Порядок оформления счетов-фактур, книг покупок и книг продаж отражается в учетной политике организации.